Kementerian Agama Kabupaten Tulungagung secara umum mempunyai tugas membantu Presiden dalam menyelenggarakan sebagian tugas pemerintahan di bidang keagamaan di Kabupaten Tulungagung.
Sedangkan secara khusus, sesuai Peraturan Menteri Agama Nomor 13 Tahun 2012 masing-masing Sub Bag Tata Usaha, Seksi dan Penyelenggara Syariah pada Kantor Kementerian Agama Kabupaten Tulungagung mempunyai tugas sebagai berikut :
Subbag TU
Sub Bagian Tata Usaha. melakukan koordinasi perumusan kebijakan teknis dan perencanaan, pelaksanaan pelayanan dan pembinaan administrasi, keuangan dan barang milik negara di lingkungan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Tulungagung
Seksi Pendma
Seksi Pendidikan Madrasah. mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi di bidang RA, MI, MTs, MA, dan MAK.
Seksi PAIS
Seksi Pendidikan Islam. mempunyai tugas melakukan pelayanan dan bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi di bidang pendidikan agama Islam pada PAUD, SD/SDLB, SMP/SMPLB, SMA/SMALB/SMK
Seksi PD Pontren
Seksi Pendidikan Diniyah Pondok Pesantren. mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi dibidang pendidikan diniyah dan pondok pesantren.
Seksi PHU
Seksi Penyelenggara Haji dan Umroh. mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan serta pengelolaan data dan informasi di bidang penyelenggaraan haji dan umrah
Seksi Bimais
Seksi Bimbingan Masyarakat Islam. mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi di bidang bimbingan masyarakat Islam.
Gara Zawa
Penyelenggara Zakat Wakaf. mempunyai tugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, serta pengelolaan data dan informasi di bidang pembinaan syariah
JFT
Jabatan Fungsional Tertentu. mempunyai tugas dalam jabatan fungsional sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku
JTF antara lain Analis Kepegawaian, Perencana, Pranata Komputer, Penyuluh Agama, Penghulu, Pengawas Madrasah.